Επίσημη είναι πλέον η Διακλαδική Διοίκηση Ειδικού Πολέμου υπό τον Α/ΓΕΕΘΑ όπως αποφάσισε και τυπικώς το Κυβερνητικό Συμβούλιο Εξωτερικών και Άμυνας (ΚΥΣΕΑ). Η Διοίκηση Ειδικού Πολέμου συγκροτείται από τους εξής επιμέρους σχηματισμούς:
Τη 1η Μεραρχία Ειδικών Δυνάμεων αποτελούμενη από τη 1η Ταξιαρχία Καταδρομών – Αλεξιπτωτιστών και τη 32 Ταξιαρχία Πεζοναυτών.
Τη Διακλαδική Διοίκηση Ειδικών Επιχειρήσεων. Εδώ περιλαμβάνονται η παλαιά 13η Διοίκηση Ειδικών Επιχειρήσεων που αποτελείται από τις Μοίρες Αμφιβίων Καταδρομών και τη Ζ ΜΑΚ καθώς και το Ειδικό Τμήμα Αλεξιπτωτιστών. Επίσης, υπάγονται ορισμένες ομάδες βατραχανθρώπων της ΔΥΚ καθώς και από πλευράς ΠΑ η 31 ΜΕΕΔ.
Επίσης, ιδιαίτερα σημαντικό είναι πως υπό την Διοίκηση Ειδικού Πολέμου με διοικητή αντιστράτηγο και επιχειρησιακώς υπαγόμενη υπό τον Α/ΓΕΕΘΑ, υπάρχει και η Μονάδα Αεροπορικών Ειδικών Επιχειρήσεων (ΜΑΕΕ). Σε αυτή περιλαμβάνονται τα αεροπορικά μέσα εκτέλεσης και διεξαγωγής ειδικών επιχειρήσεων και συγκεκριμένα τα κορυφαία ελικόπτερα ΝΗ90 καθώς και ορισμένα από τα CH-47 Chinook της Αεροπορίας Στρατού.
Η συγκρότηση της Διοίκησης Ειδικού Πολέμου συμβαδίζει με τα διεθνή πρότυπα ειδικών επιχειρήσεων ως προς το σκέλος της δομής και της οργάνωσης. Προσφέρει ενότητα διοικήσεως και υψηλό διακλαδικό πνεύμα με κύρια στοιχείο, τις συνέργειες και τις συνεργασίες. Ενσωματώνει ακόμη τυποποιημένες διαδικασίες σε πλειάδα θεμάτων όπως επιχειρησιακής σχεδίασης ή επικοινωνιών, ζητημάτων ευαίσθητων κατά την εκτέλεση ειδικών επιχειρήσεων. Για να το θέσουμε απλά και κατανοητά προσφέρει απλότητα, ενότητα και αμεσότητα στη διοίκηση.
Επιπροσθέτως, προσφέρει κοινό εξοπλιστικό πρόγραμμα και συνεπώς μια πιο ολοκληρωμένη αντίληψη των αναγκών μακριά από τις κλαδικές απαιτήσεις και τη συντεχνιακή προσέγγιση.
Είναι γεγονός πως ο Α/ΓΕΕΘΑ έχει τρέξει ιδιαίτερα σημαντικά προγράμματα για τις ειδικές δυνάμεις όπως η αναβάθμιση των επιχειρησιακών δυνατοτήτων διείσδυσης και διαφυγής αποκτώντας τα υποβρύχια σκούτερ καλύπτοντας μια διαχρονική ανάγκη των ειδικών δυνάμεων του Στρατού Ξηράς. Επίσης, είναι εξαιρετικά σημαντικό που εξασφαλίζονται οργανικά αεροπορικά μέσα για τις ειδικές επιχειρήσεις του ΓΕΕΘΑ ώστε να αποφεύγονται συντεχνιακές αντιλήψεις.
Παράλληλα με τη παραπάνω απόφαση το ΚΥΣΕΑ αποφάσισε την ενεργοποίηση της option για τα τρία επιπλέον ελικόπτερα ΜΗ-60R καθώς και την αναβάθμιση του Ναυστάθμου Κρήτης λόγω εγγύτητας με τη δυνητική περιοχή αεροναυτικών επιχειρήσεων της Ανατολικής Μεσογείου.
