Σύμφωνα με έκθεση του Ελεγκτικού Γραφείου της Αμερικανικής Κυβέρνησης (GAO : Government Accountability Office) το συνολικό κόστος χρήσης των μαχητικών αεροσκαφών F-35 Lightning II θα ξεπεράσεις τα $ 2 τρισεκατομμύρια, στη διάρκεια της επιχειρησιακής τους ζωής. Το νέο κόστος είναι αυξημένο κατά 17,65%, σε σχέση με τον προηγούμενο υπολογισμό (Σεπτέμβριος του 2023), που ήταν $ 1,7 τρισεκατομμύρια, καθώς η Αμερικανική Αεροπορία διεύρυνε το χρόνο παραμονής σε υπηρεσία και ο πληθωρισμός είναι αυξημένος.

Από τα $ 2 τρισεκατομμύρια, τα $ 1,6 τρισεκατομμύρια αφορούν στο κόστος συντήρησης και υποστήριξης (αυξημένο κατά 45,45% σε σχέση με το Σεπτέμβριο του 2023 που είχε υπολογιστεί στα $ 1,1τρισεκατομμύρια). Στα $ 442 δισεκατομμύρια έχει υπολογιστεί το κόστος αγοράς των αεροσκαφών. Η έκθεση του GAO αναφέρει ότι η Αμερικανική Αεροπορία θα συνεχίσει να πετά τα F-35 μέχρι το 2088, αντί του 2077 που ήταν ο προηγούμενος προγραμματισμός.

Επίσης, η έκθεση του GAO αναφέρει ότι προσπάθειες μείωσης του κόστους υποστήριξης και χρήσης του αεροσκάφους δεν έχουν αποδώσει τα αναμενόμενα.  Το Γραφείο του Προγράμματος F-35 ανέφερε σε ανακοίνωση του ότι έχει πετύχει τη μείωση του κόστους συντήρησης και υποστήριξης των αεροσκαφών από τα $ 9,4 εκατομμύρια ανά αεροσκάφος ανά έτος (το 2014) στα $ 6,2 εκατομμύρια ανά αεροσκάφος ανά έτος (το 2022). Επίσης, έχει μειώσει το κόστος ανά ώρα πτήσης από τα $ 86.800 στα $ 33.600 (τιμές του 2012). Τέλος, ως προς τη διαθεσιμότητα, η έκθεση του GAO αναφέρει ότι μειώθηκε στο 52% το 2023.