Σύμφωνα με δημοσίευμα της αμυντικής ιστοσελίδας «Jane’s» τα Σκόπια, παρά την υπογραφή της Συμφωνίας των Πρεσπών, θα πρέπει να διανύσουν ακόμα δρόμο για να ενταχθούν στο ΝΑΤΟ, καθώς θα πρέπει να υπερπηδήσουν σειρά τεχνικών ζητημάτων, έτσι ώστε να καταστούν πλήρως λειτουργικό μέλος της Συμμαχίας.
Σύμφωνα με το «Jane’s» οι μεγάλες προκλήσεις για τα Σκόπια είναι η ενσωμάτωση της στρατιωτικής διοίκησης της χώρας στο ενιαίο σύστημα διοίκησης του ΝΑΤΟ, η εναρμόνιση της αντιαεροπορικής άμυνας της χώρας με το επιχειρησιακό δόγμα του ΝΑΤΟ και η πρόοδος στη συνεργασίας των υπηρεσιών πληροφοριών των Σκοπίων και τις αρμόδιες Νατοϊκές υπηρεσίες.