Σύμφωνα με δημοσίευμα της αμερικανικής αμυντικής ιστοσελίδας «Defense One», η οποία επικαλείται πρόσφατη έκθεση του αμερικανικού Υπουργείου Άμυνας (Annual Operation Test and Evaluation Report, δημοσιεύτηκε στις 31 Ιανουαρίου), το F-35 ταλαιπωρείται ακόμα από καθυστερήσεις στην ανάπτυξη και δοκιμή λογισμικού. Σύμφωνα με την έκθεση, το πρόγραμμα του F-35 «δεν έχει παρουσιάσει βελτίωση ως προς την τήρηση του χρονοδιαγράμματος ανάπτυξης και δοκιμής λογισμικού, το οποίο θα αντιμετωπίσει αστοχίες και θα προσθέσει νέες ικανότητες στο αεροσκάφος». Προβλήματα έχουν ταλαιπωρήσει την ανάπτυξη της αναβάθμισης TR-3 (Technology Refresh-3), που αφορά σε συστήματα (νέα οθόνη πολλαπλών ενδείξεων, αναβαθμισμένο κεντρικό υπολογιστεί, βελτιωμένες μονάδες μνήμης) και λογισμικό και είναι αναγκαία πριν την αναβάθμιση Block.4 του αεροσκάφους. Στην έκδοση Block.4 το F-35 θα ενσωματώνει νέο ραντάρ και αισθητήρες, θα πιστοποιηθούν νέα όπλα ακριβείας και μεγάλου βεληνεκούς, θα έχει βελτιωμένες ικανότητες ηλεκτρονικού πολέμου κ.ά. Η αναβάθμιση TR-3 έπρεπε να είναι έτοιμη τον Απρίλιο του 2023 αλλά ήδη καταγράφει καθυστέρηση δύο ετών. Το πρόγραμμα αυτό είχε οδηγήσει το αμερικανικό Υπουργείο Άμυνας να παύσει τις παραλαβές F-35 για έναν ολόκληρο χρόνο. Επίσης, η καθυστέρηση στην ανάπτυξη της αναβάθμισης TR-3 καθυστερεί και την αναβάθμιση των αεροσκαφών TR-2 και συνεπώς στην έκδοση Block.4.