Ιδιαίτερα υψηλό αναμένεται να είναι το κόστος εκσυγχρονισμού των υποβρυχίων τύπου «214» δεδομένων των διαπραγματεύσεων που βρίσκονται σε εξέλιξη. Σύμφωνα με πληροφορίες, το κόστος έχει ήδη ξεπεράσει το ένα δισεκατομμύριο ευρώ και κυμαίνεται μεταξύ 1.1 και 1.2 δισεκατομμυρίων ευρώ για τον εκσυγχρονισμό των τεσσάρων υποβρυχίων της κλάσης «ΠΑΠΑΝΙΚΟΛΗΣ». Το πρόγραμμα έχει ως κύριο ανάδοχο τη γερμανική εταιρεία ThyssenKrupp Marine Systems η οποία συνεργάζεται με τα Ναυπηγεία Σκαραμαγκά. Με τις διαπραγματεύσεις να βρίσκονται εν εξελίξει και σε αρκετά πρώιμο στάδιο, το Πολεμικό Ναυτικό έχει θέσει ως στόχο τη συγκράτηση του κόστους κάτω των 900 εκατομμυρίων ευρώ. Πυρήνας του προγράμματος είναι ο εκσυγχρονισμός των ηλεκτρονικών και των αισθητήρων μάχης (τακτικό σύστημα, σόναρ) των υποβρυχίων της κλάσης «ΠΑΠΑΝΙΚΟΛΗΣ» παράλληλα με την εκτέλεση σειράς εργασιών σε ότι αφορά τη πρόωση των υποβρυχίων και τη παροχή ηλεκτρικής ισχύος.
Αναλόγως του τελικού προϋπολογισμού ενδέχεται να υπάρξουν κρίσιμες παρεμβάσεις και στα οπλικά συστήματα και την ισχύ πυρός των υποβρυχίων προκειμένου τα υποβρύχια να αποκτήσουν νέες δυνατότητες. Καταλυτικές επεμβάσεις προγραμματίζονται και για το σύστημα Αναερόβιας Πρόωσης (Air Independent Propulsion – AIP) καθώς και τις συστοιχίες μπαταριών των υποβρυχίων προκειμένου να αυξηθούν οι δυνατότητες των υποβρυχίων του Πολεμικού Ναυτικού σε ότι αφορά την ακτίνα δράσης και την αυτονομία τους, η οποία είναι μεγάλη και πλέον ο μοναδικός παράγοντας που τη περιορίζει είναι οι ανάγκες τροφοδοσίας των πληρωμάτων. Σημαντικές αναμένεται να είναι οι έλεγχοι πρωταρχικά και εάν απαιτείται οι παρεμβάσεις στο δομικό σκέλος των υποβρυχίων, δηλαδή το «κύτος» (hull) προκειμένου να επιχειρεί με απόλυτη ασφάλεια σε μεγάλη βάθη. Επιπροσθέτως, ένα ακόμη μέρος του προγράμματος εκσυγχρονισμού είναι η εγκατάστασης νέας γενιάς συστημάτων ναυσιπλοΐας ψηφιακής τεχνολογίας καθώς και συστημάτων αδρανειακής ναυτιλίας.

Στόχος του Γενικού Επιτελείου Ναυτικού είναι τα εκσυγχρονισμένα υποβρύχια του Στόλου να αυξήσουν τη μαχητικής τους ισχύ. Για την επίτευξη αυτού του σκοπού θα πρέπει να εντοπίζουν στόχους σε μεγάλες αποστάσεις εξασφαλίζοντας πως παραμένουν αθέατα και συνάμα να τους δοθούν νέες δυνατότητες διαφυγής και επιβίωσης. Ένα από τα νέα συστήματα που εξετάζεται να τοποθετηθούν είναι το σύστημα IDAS για την κάλυψη των επιχειρησιακών αναγκών αυτοάμυνας των υποβρυχίων έναντι εναερίων απειλών.