Σύμφωνα με δημοσιεύματα του αμερικανικού τύπου ο λόγος για τον οποίο οι Αμερικανοί κυβερνητικοί και αξιωματούχοι συνομολογούν ότι η Τουρκία δεν μπορεί να έχει στο οπλοστάσιο της και τους S-400 και τα F-35 Lightning II είναι ότι υπάρχει έντονη ανησυχία ότι η χρήση του προηγμένου ρωσικού αντιαεροπορικού συστήματος μπορεί να συγκεντρώσει ζωτικής σημασίας πληροφορίες για τα χαρακτηριστικά και τις ικανότητες του F-35, οι οποίες, στη συνέχεια, μπορεί να περάσουν στα χέρια των Ρώσων.
Και το θέμα των S-400 είναι μόνο ένα από τα «αγκάθια» των Αμερικανοτουρκικών σχέσεων. Πλέον τίθεται και το ερώτημα εάν η Τουρκία θα πρέπει να παραμείνει στο ΝΑΤΟ, κάτι αδιανόητο λίγα χρόνια πριν εάν αναλογιστεί κανείς ότι από την ένταξη της Τουρκίας στο ΝΑΤΟ, το 1952, και ιδιαίτερα μετά την απώλεια του Ιράν, το 1979, οι ΗΠΑ θεωρούσαν την Τουρκία στρατηγικής σημασίας σύμμαχο στην περιοχή.
Η Ουάσιγκτον εκτιμά, βάσιμα, ότι η χρήση του F-35, παράλληλα με τη χρήση των S-400, θα έθετε την προηγμένη και εν πολλοίς απόρρητη τεχνολογία του F-35 σε κίνδυνο αποκάλυψης. Τα κράτη-μέλη του ΝΑΤΟ χρησιμοποιούν συστήματα ζεύξης δεδομένων (Data Link), τα οποία επιτρέπουν στο Στρατό, το Πολεμικό Ναυτικό και την Πολεμική Αεροπορία να μοιράζονται, σε πραγματικό χρόνο, κοινή τακτική και επιχειρησιακή εικόνα. Ως γνωστό οι αεροπορικές δυνάμεις χρησιμοποιούν το Link-16. Ομοίως, χρησιμοποιούν και σύστημα αναγνώρισης φίλου ή εχθρού (IFF : Identification Friend or Foe) για την αναγνώριση των φίλιων δυνάμεων.
Στην περίπτωση της Τουρκίας συστήματα IFF και Link-16, συμβατά με τα πρωτόκολλα του ΝΑΤΟ, θα πρέπει να εγκατασταθούν στους S-400 έτσι ώστε τα τουρκικά F-35 να αναγνωρίζονται ως φίλια από τους S-400. Αυτό όμως θα έθετε τα πρωτόκολλα λειτουργίας των IFF και των Link-16 σε άμεσο κίνδυνο αποκάλυψης. Ομοίως, η ταυτόχρονη χρήση των F-35 και των S-400 θα μπορούσε να οδηγήσει στη συλλογή ευαίσθητων πληροφοριών σχετικά με τα χαρακτηριστικά stealth των αεροσκαφών. Οι κυματομορφές των επιφανειών stealth των F-35 και οι αντανακλάσεις τους είναι πληροφορίες άκρως απόρρητες έτσι ώστε να προστατευτούν οι παράμετροι λειτουργίας του ραντάρ, της τεχνολογίας stealth που ενσωματώνουν και των κρυπτογραφημένων κωδικών του Link-16. Η ταυτόχρονη χρήση του F-35 και του S-400 θα μπορούσαν να δώσουν λύσεις αντιμετώπισης των F-35.
Όλες αυτές τις κρίσιμες πληροφορίες μπορεί να καταλήξουν στα χέρια των Ρώσων, όχι απαραίτητα με πρόθεση των Τούρκων, αλλά μέσω ενός κακόβουλου λογισμικού εγκαταστημένου εσκεμμένα στους S-400. Το σενάριο που ανησυχεί περισσότερο τους Αμερικανούς είναι η συνεχής χρήση των F-35 εντός του φακέλου εμπλοκής των S-400. Δηλαδή, η συλλογή πληροφοριών και η ιχνήλαση αλγορίθμων από το S-400 για το F-35 από διαφορετικά βεληνεκή και διαφορετικές γωνίες πτήσης. Είναι λοιπόν σαφές και ξεκάθαρο ότι το δίλημμα S-400 ή F-35 δεν είναι μόνο πολιτικό, αλλά ενέχει πολύ σοβαρά επιχειρησιακά ζητήματα.
