Σύμφωνα με δημοσίευμα του «The Drive», το οποίο επικαλείται σχετική έκθεση της ρωσικής εφημερίδας «Gazeta», η Ρωσία έχει ενσωματώσει, στους τουρκικούς S-400, σύστημα αναγνώρισης φίλου ή εχθρού (IFF) συμβατό με τα Νατοϊκά πρότυπα. Το σύστημα λειτουργεί ως εξής: Οι κωδικοποιημένες κυματομορφές που χρησιμοποιεί το συγκεκριμένο IFF διατηρούνται ασφαλείς σε τουρκικής προέλευσης κρυπτογραφικό σύστημα στο οποίο πρόσβαση έχουν μόνο οι Τούρκοι.
Η συγκεκριμένη λύση προτάθηκε και προκρίθηκε από της Τουρκία, προκειμένου να καθησυχαστεί το NATO και οι ΗΠΑ. Ως γνωστών το NATO έχει διαμηνύσει στην Άγκυρα ότι οι S-400 δεν θα ολοκληρωθούν στο συμμαχικό δίκτυο αεράμυνας, ενώ οι ΗΠΑ έχουν ακυρώσει την παράδοση των F-35 στην Τουρκία και έχουν αποβάλει τη χώρα από το πρόγραμμα κατασκευής του αεροσκάφους. Επίσης πιέζουν την Τουρκία να επιλέξει το Patriot αντί των S-400.
Σύμφωνα με την έκθεση της «Gazeta» το IFF των τουρκικών S-400 είναι ανάλογο των συστημάτων Mk.XII, τα οποία χρησιμοποιούν κυματομορφές τύπου Mode.4, και είναι σύμφωνο με τη STANAG 4193 (το βελτιωμένο Mk.XIIA, που χρησιμοποιεί κυματομορφές τύπου Mode.5, θα αρχίσει να εντάσσεται σε υπηρεσία το 2020). Ωστόσο, η Ουάσιγκτον στέκεται αμετακίνητη στην πεποίθηση της ότι η χρήση του S-400 μπορεί να συγκεντρώσει ζωτικής σημασίας πληροφορίες για τα χαρακτηριστικά και τις ικανότητες του F-35, οι οποίες, στη συνέχεια, μπορεί να περάσουν στα χέρια των Ρώσων.
Τα μέλη του ΝΑΤΟ χρησιμοποιούν συστήματα ζεύξης δεδομένων (Data Link), τα οποία επιτρέπουν στο Στρατό, το Πολεμικό Ναυτικό και την Πολεμική Αεροπορία να μοιράζονται, σε πραγματικό χρόνο, κοινή τακτική και επιχειρησιακή εικόνα. Ως γνωστό οι αεροπορικές δυνάμεις χρησιμοποιούν το Link-16. Ομοίως, χρησιμοποιούν και σύστημα IFF για την αναγνώριση των φίλιων δυνάμεων. Συνεπώς, οι S-400 της Τουρκίας θα πρέπει να διαθέτουν IFF και Link-16, συμβατά με τα πρωτόκολλα του ΝΑΤΟ, έτσι ώστε τα συμμαχικά αεροσκάφη να αναγνωρίζονται ως φίλια από τους τουρκικούς S-400.
Αυτό όμως θα έθετε τα πρωτόκολλα λειτουργίας των IFF και των Link-16 σε άμεσο κίνδυνο αποκάλυψης και αυτές οι ιδιαίτερα κρίσιμες πληροφορίες θα μπορούσαν να καταλήξουν στα χέρια των Ρώσων. Για παράδειγμα, αν η Τουρκία διέθετε και F-35, η συνεχής χρήση του αεροσκάφους εντός του φακέλου εμπλοκής των S-400 θα οδηγούσε στη συλλογή κρίσιμων πληροφοριών για τη συμπεριφορά του S-400 έναντι του F-35 σε διαφορετικά βεληνεκή και διαφορετικές γωνίες πτήσης.
