Ο εμφύλιος πόλεμος στη Βοσνία-Ερζεγοβίνη ήταν ένα ακόμα αιματηρό επεισόδιο στο δράμα της διάλυσης της πρώην Γιουγκοσλαβίας. Ο πόλεμος ξέσπασε την 6 Απριλίου του 1992 και τερματίστηκε, επίσημα, στις 14 Δεκεμβρίου του 1995 με την υπογραφή της Συμφωνίας του Ντέιτον. Στον πόλεμο ενεπλάκησαν όλες οι εθνικές ομάδες της χώρας, δηλαδή οι Σέρβοι, οι Κροάτες και οι μουσουλμάνοι. Αρχικά, οι Κροάτες και οι μουσουλμάνοι συμμάχησαν κατά των Σέρβων, αλλά το 1993 η συμμαχία τους διαλύθηκε, για να δημιουργηθεί εκ νέου το 1994. Το 1994 ήταν και η χρονιά της δυναμικής επέμβασης-παρέμβασης του ΝΑΤΟ. Αφορμή στάθηκε η πτήση τεσσάρων σερβικών μαχητικών αεροσκαφών πάνω από την κεντρική Βοσνία-Ερζεγοβίνη, περιοχή την οποία τα Ηνωμένα Έθνη είχαν χαρακτηρίσει ως «No-Fly Zone». Τα σερβικά αεροσκάφη καταρρίφθηκαν.
Σε μια προσπάθεια να πιεστούν οι Σέρβοι, η Ουάσιγκτον κατάφερε να συμφιλιώσει τους Κροάτες και τους μουσουλμάνους και να τους συσπειρώσει κατά των Σέρβων. Πιο συγκεκριμένα, στις 23 Φεβρουαρίου του 1994, οι Κροάτες και οι μουσουλμάνοι υπέγραψαν συμφωνία κατάπαυσης του πυρός, ενώ τον Μάρτιο υπέγραψαν τη Συμφωνία της Ουάσιγκτον, σύμφωνα με την οποία τα εδάφη που κατείχαν οι δύο πλευρές συνενώθηκαν και δημιούργησαν της Ομοσπονδία της Βοσνίας-Ερζεγοβίνης. Ο πόλεμος έφτασε σε οριακό σημείο τον Μάιο του 1995, όταν οι Σέρβοι άρχισαν να βομβαρδίζουν εκ νέου το Σαράγεβο. Η ενέργεια αυτή εξάντλησε την υπομονή της διεθνούς κοινότητας και προκάλεσε την στρατιωτική επέμβαση του ΝΑΤΟ, η οποία εκδηλώθηκε με αεροπορικές επιδρομές κατά των Σέρβων στην ευρύτερη περιοχή του Σαράγεβο.
Οι συγκρούσεις συνεχίστηκαν και, τον Ιούλιο του 1995, οι Σέρβοι κατέλαβαν τη Σρεμπρένιτσα και τη Ζέπα και προχώρησαν σε εθνικές εκκαθαρίσεις κατά των μουσουλμάνων. Το ΝΑΤΟ αντέδρασε με νέους αεροπορικούς βομβαρδισμούς, ενώ η Κροατία, εκμεταλλευόμενη τη δυσμενή διεθνή εικόνα της Σερβίας και τη σιωπηρή συγκατάθεση της Ουάσιγκτον, εισέβαλε και εκκαθάρισε την επαρχία της Κράινα από τους Σέρβους. Τον Σεπτέμβριο του 1995, οι ενωμένες στρατιωτικές δυνάμεις των Κροατών και των μουσουλμάνων εξαπέλυσαν μια ευρείας κλίμακας αντεπίθεση κατά των Σέρβων στη δυτική Βοσνία-Ερζεγοβίνη, επιχείρηση η οποία απέφερε σημαντικά εδαφικά οφέλη. Ήταν πλέον ξεκάθαρο ότι η διεθνής κοινότητα έπρεπε να επέμβει και να σταματήσει τον πόλεμο. Πράγματι, η διεθνής κοινότητα, υπό την αιγίδα των ΗΠΑ, δραστηριοποιήθηκε και έτσι καταλήξαμε στη Συμφωνία του Ντέιτον.
Τον Νοέμβριο του 1995, τα τρία εμπόλεμα μέρη στη Βοσνία-Ερζεγοβίνη συμφώνησαν σε κατάπαυση του πυρός και σε μια μόνιμη διευθέτηση του εδαφικού ζητήματος στη χώρα. Η υπογραφή της Συμφωνίας του Ντέιτον έλαβε χώρα στο Παρίσι, στις 14 Δεκεμβρίου του 1995. Όλες οι πλευρές αναγνώρισαν το Σαράγεβο ως πρωτεύουσα της ενωμένης Βοσνίας-Ερζεγοβίνης, την οποία όμως συγκροτούσαν δύο αυτόνομες επαρχίες: η Σερβική Δημοκρατία, η οποία είχε υπό τον έλεγχό της το 49% του εδάφους και η Ομοσπονδία της Βοσνίας-Ερζεγοβίνης, η οποία είχε υπό τον έλεγχό της το υπόλοιπο 51%. Κάθε αυτόνομη επαρχία, ουσιαστικά ανεξάρτητη, έχει δική της κυβέρνηση, αστυνομία και στρατό. Η κεντρική εξουσία είναι περισσότερο τυπική και δεν είχε καμία ουσιαστική πολιτική εξουσία. Επίσης αποφασίστηκε η διεξαγωγή εκλογών για την ανάδειξη νέας κυβέρνησης, η επιστροφή όλων των προσφύγων στις εστίες τους και η ανάπτυξη διεθνούς ειρηνευτικής δύναμης.
Οι κύριες διαπραγματεύσεις μεταξύ Σέρβων, Κροατών και μουσουλμάνων έλαβαν χώρα από την 1η μέχρι και τις 21 Νοεμβρίου του 1995. Στις διαπραγματεύσεις συμμετείχαν ο Μιλόσεβιτς, ως Πρόεδρος της Γιουγκοσλαβίας και εκπρόσωπος των Σέρβων της Βοσνίας-Ερζεγοβίνης (αντικατέστησε τον Ράντοβαν Κάραζιτς), ο Τούτζμαν (Πρόεδρος της Κροατίας), ο Ιζετμπέκοβιτς (Πρόεδρος της χώρας) και ο Μοχάμεντ Σακίρμπεη (υπουργός εξωτερικών της χώρας). Οι διαπραγματεύσεις τελούσαν υπό την αιγίδα του υπουργού εξωτερικών των ΗΠΑ Γουόρεν Κρίστοφερ και του ειδικού διαπραγματευτή Ρίτσαρντ Χόλμπρουκ. Τον Χόλμπρουκ συνέδραμαν ο ειδικός απεσταλμένος της ΕΕ Καρλ Μπίλντ και ο υφυπουργός εξωτερικών της Ρωσίας Ιγκόρ Ιβανόφ. Στις διαβουλεύσεις συμμετείχαν ο στρατηγός Ουέσλι Κλαρκ, μετέπειτα Ανώτατος Συμμαχικός Διοικητής στην Ευρώπη, και ο Βρετανός συνταγματάρχης Αράντελ Ντέιβιντ Λίκι, μετέπειτα διοικητής της EUFOR.
Εκτός από τους Σέρβους, τους Κροάτες και τους μουσουλμάνους, τη Συμφωνία του Ντέιτον υπέγραψαν ο Πρόεδρος της Γαλλίας Ζακ Σιράκ, ο Πρωθυπουργός της Μεγάλης Βρετανίας Τζον Μέιτζορ, ο Καγκελάριος της Γερμανίας Χέλμουτ Κολ και ο Πρωθυπουργός της Ρωσίας Βίκτωρ Τσερνομίρντιν. Οι διαπραγματεύσεις, ιδιαίτερα για το εδαφικό καθεστώς, μεταξύ των Κροατών, των μουσουλμάνων και των Σέρβων ήταν ιδιαίτερα σκληρές και πολλές φορές έφτασαν σε αδιέξοδο. Η βασική αρχή ήταν ότι οι Σέρβοι θα ελάμβαναν το 49% του εδάφους της Βοσνίας-Ερζεγοβίνης και οι Κροάτες με τους μουσουλμάνους το υπόλοιπο 51%. Το ζήτημα ήταν ποιο 49% θα έπαιρναν οι Σέρβοι και ποιο 51% οι Κροάτες με τους μουσουλμάνους. Οι διαμεσολαβητές προσπαθούσαν να γεφυρώσουν εκ διαμέτρου αντίθετες απόψεις, αλλά και τη βαθύτατη δυσπιστία, εάν όχι μίσος, που υπήρχε μεταξύ των τριών αντιμαχομένων πλευρών. Μάλιστα, ο Τούτζμαν είχε πει ότι «μας χωρίζει ένας σωρός από πτώματα».
Φαινομενικά, οι Κροάτες και οι μουσουλμάνοι κρατούσαν κοινή στάση απέναντι στους Σέρβους, αλλά στη διάρκεια των διαπραγματεύσεων φάνηκε ότι η κάθε αντιπροσωπεία ενδιαφερόταν να αποκομίσει όσα περισσότερα μπορούσε. Χαρακτηριστικό είναι το παράδειγμα της «ειρήνης των 37 λεπτών», δηλαδή μιας συμφωνίας, η οποία επετεύχθη τα ξημερώματα της 20ης Νοεμβρίου και διήρκεσε μόλις 37 λεπτά. Μέχρι τότε, οι τρεις πλευρές είχαν συμφωνήσει ως προς τις μεγάλες ανταλλαγές εδαφών και είχαν μείνει ορισμένες λεπτομέρειες έτσι ώστε το ποσοστό να προσεγγίσει την αναλογία 49%-51%. Για να επιτευχθεί αυτή η αναλογία, έπρεπε οι Κροάτες και οι μουσουλμάνοι να παραχωρήσουν ένα οποιοδήποτε μικρό κομμάτι γης στους Σέρβους, τους οποίους ενδιέφερε περισσότερο να λάβουν το 49% της Βοσνίας-Ερζεγοβίνης παρά να λάβουν λιγότερο αλλά ποιοτικότερο έδαφος.
Τελικά η λύση βρέθηκε όταν οι μουσουλμάνοι, απόντων των Κροατών, δέχθηκαν να παραχωρηθεί στους Σέρβους μια μικρή περιοχή στη δυτική Βοσνία-Ερζεγοβίνη. Ο Μιλόσεβιτς δέχθηκε και στις 04:00 το πρωί φάνηκε ότι τα εμπλεκόμενα μέρη είχαν έρθει σε συμφωνία. Ο Χόλμπρουκ ζήτησε να έρθει και ο Τούτζμαν για να αποδεχθεί και αυτός τη συμφωνία, εκ μέρους των Κροατών. Αντί του Τούτζμαν στην αίθουσα ήρθε ο υπουργός εξωτερικών της Κροατίας, Μάτε Γκράνιτς, ο οποίος άρχισε να παρατηρεί τον χάρτη. Ξαφνικά ο Γκράνιτς, σε έντονο ύφος, απευθύνθηκε στον πρωθυπουργό της Βοσνίας-Ερζεγοβίνης, Χάρις Σίλατζιτς, και του είπε «δώσατε στους Σέρβους εδάφη που κατακτήθηκαν με κροατικό αίμα … δεν υπάρχει πιθανότητα ο Πρόεδρος να δεχθεί». Οι Κροάτες τελικά δεν δέχθηκαν και η συμφωνία κατέρρευσε.
Οι αμερικανοί από την άλλη πλευρά δεν έκρυβαν τη δυσπιστία τους προς τον Μιλόσεβιτς και τους Σέρβους, ενώ δήλωσαν ξεκάθαρα στον Μιλόσεβιτς ότι θεωρούν εγκληματίες πολέμου τόσο τον Κάραζιτς, όσο και τον Μλάντιτς και ότι δεν θα δεχθούν τη συμμετοχή τους στη συνδιάσκεψη. Ήταν προφανές ότι οι ΗΠΑ είχαν αποφασίσει να παραπέμψουν τους Κάραζιτς και Μλάντιτς στο Διεθνές Δικαστήριο για τα εγκλήματα πολέμου στην Πρώην Γιουγκοσλαβία. Τελικά η Συμφωνία του Ντέιτον υπεγράφη και η ειρήνη, φαινομενικά τουλάχιστον, επανήλθε στη Βοσνία-Ερζεγοβίνη. Το τίμημα όμως που πλήρωσε και συνεχίζει να πληρώνει η χώρα είναι βαρύ. Με κατεστραμμένη οικονομία και την ανεργία στα ύψη, το μέλλον της Βοσνίας-Ερζεγοβίνης δεν προμηνύεται λαμπρό.
