Πενήντα χρόνια μετά το κλείσιμο της Θεολογικής Σχολής της Χάλκης, η Ουάσιγκτον καλεί την Τουρκία να σεβαστεί τη θρησκευτική ελευθερία και να ανοίξει ξανά τη Σχολή. Το 1971 το Συνταγματικό Δικαστήριο της Τουρκίας έκρινε ότι όλα τα ιδρύματα τριτοβάθμιας εκπαίδευσης πρέπει είτε να εθνικοποιηθούν είτε να κλείσουν. Έκτοτε παραμένει κλειστή. Η Σχολή εγκαινιάστηκε το 1844 από τον Οικουμενικό Πατριάρχη Γερμανό Δ’. Στο μεγάλο σεισμό του 1894 όλα τα κτήρια, εκτός από ένα παρεκκλήσι, καταστράφηκαν και η λειτουργία της διακόπηκε. Ωστόσο, επισκευάστηκαν και η Σχόλη άρχισε να λειτουργεί πάλι το 1896.